طبق گزارش کمیسیون آزادی مذهبی ایالات متحده، اقلیت‌های مذهبی در افغانستان از جمله شیعیان، هندوها، سیک‌ها و مسیحیان با محدودیت‌ها و آزار و اذیت شدید طالبان مواجه هستند.
این کمیسیون اعلام کرده که آزادی مذهبی در افغانستان تحت حاکمیت طالبان به شدت رو به وخامت گذاشته است. طالبان همچنان به اجرای تفسیر سخت‌گیرانه خود از شریعت ادامه می‌دهند و به آزادی مذهب و عقیده احترام نمی‌گذارند.
طبق این گزارش، طالبان محدودیت‌های شدیدی را در زمینه پوشش، اشتغال و آموزش برای افغان‌ها اعمال کرده‌اند. آن‌ها همچنین برگزاری علنی مراسم‌های مذهبی برای اقلیت‌های دینی را ممنوع کرده‌اند.
شیعیان نیز همچنان با آزار، خشونت و مداخله در حق عبادت خود مواجه هستند. طالبان ازدواج بین شیعه و سنی را ممنوع کرده و تدریس کتب فقه جعفری را ممنوع کرده‌اند.
کمیسیون آزادی مذهبی آمریکا از دولت این کشور خواسته تا افغانستان تحت حاکمیت طالبان را به عنوان «کشور مورد نگرانی ویژه» معرفی کند و در گفت‌وگوها با تالبان، آزادی مذهبی را مطرح کرده و جنایات آن‌ها را محکوم سازد.
همچنین این کمیسیون خواستار تحریم مقام‌های طالبان درگیر در نقض آزادی‌های مذهبی شده است.
